Синий цвет означает ясность, добродетель и чистоту помыслов народов Республики Башкортостан; белый — миролюбие, открытость, готовность к взаимному сотрудничеству народов Республики Башкортостан; зелёный — свободу, вечность жизни.
Цветок курая — символ дружбы, семь его лепестков, расположенных в центре белой полосы, символизируют семь родов, положивших начало единению народов, проживающих на территории Республики Башкортостан.
История
Изначально обратились к вероятному символу башкирского казачества, появившемуся в начале XIX века. По немногочисленным описаниям он выглядел следующим образом: на фоне двуглавого орла и шестиугольных звёзд, разбросанных по всему полотнищу, были начертаны слова из Корана.Затем хотели возродить флаг 1918 года (сине-зелёно-белый) с добавлением в центр зелёной полосы изображения курая.
Флаг, утверждённый башкирским правительством фарманом (приказом) от 20 августа 1918 года № 4547, представлял собой полотнище из трёх равновеликих горизонтальных полос: верхней — синего, средней — зелёного и нижней — белого цвета. Синий цвет означал принадлежность башкир к тюркоязычной группе народов, зелёный — толковался как приверженность башкир исламу, белый — символизировал стремление народа к миру, благополучию и счастью.
27 ноября 1991 года подобный флаг (без курая) приняла Республика Коми и, дабы не повторять её флаг, башкирские депутаты решили поменять порядок полос национального флага.
25 февраля 1992 года, Верховным Советом Башкирской АССР, был принят новый флаг БАССР, которая в тот же день была переименована в Республику Башкортостан. С 2001 года — 25 февраля — День Государственного флага Республики Башкортостан.
27 мая 1999 года, Законодательной Палатой Государственного Собрания Республики Башкортостан, был принят Закон «О государственной символике Республики Башкортостан». Изменений внесено не было. 12 февраля 2003 года, Законодательной Палатой Государственного Собрания — Курултая — Республики Башкортостан, утверждена новая пропорция флага — 2:3.
7 июня 2007 года, Законодательной Палатой Государственного Собрания — Курултая — Республики Башкортостан, были внесены технические правки в Закон «О государственной символике Республики Башкортостан», в частности было незначительно изменено описание флага.